Deux frères, Alphonse et Edward Elric pratiquent l'alchimie depuis qu'ils sont tout petit. Il y a quelques années, leur père, alchimiste reconnu, a disparu. Un peu plus tard, leur mère tombe malade et meurt. Ils refusent d'accepter cette triste vérité. Ils tentent alors de la ramener par l'alchimie. Mais ils oublient une loie fondamentale de l'alchimie : ils ne doivent pas manipuler d'êtres humains...
Ils échouent. Alphonse est dématérialisé. Edward réussit à garder l'ame de son frère dans une armure. Mais il pert une jambe et un bras. Plus tard, Roy Mustang le remarque et lui propose de passer le concours d'alchémiste d'Etat. Ed le réussit et devient alors le plus jeune alchimiste de tout les temps.
Ils n'ont alors qu'un seul but : trouver la pierre philosophale pour ainsi retouver leur corps d'origine et peut-être par la même occasion ressuciter leur mère...